根据企业所得税法第三条第三款的规定，该子公司将其专利授予总部公司使用，属于非居民在中国境内没有机构场所而取得来源于中国的所得，应在中国缴纳企业所得税。

对此类所得按10%税率征收企业所得税，如果这笔所得不含增值税，则应缴纳的企业所得税为100*10%=10万元，应由B代扣代缴。如果A符合受益所有人条件，根据我国与印度签署的双边税收协定，则可以申请享受税收协定更低的税率,所征税款不应超过特许权使用费或技术服务费总额的10%。

注释：

[1]《关于税收协定中“受益所有人”有关问题的公告》（国家税务总局公告2018年第9号）：http://www.chinatax.gov.cn/n810219/n810744/n1671176/n1671186/c3279059/content.html

【资料来源】

1.《中华人民共和国企业所得税法》第二条、第三条、第四条

2.《国家税务总局关于非居民企业所得税源泉扣缴有关问题的公告》（2017年第37号）

3.《中华人民共和国政府和印度共和国政府关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的协定》